Білкові ферменти синтезуються на рибосомах, а РНК – у ядрі. Терміни фермент та ензим давно використовують як синоніми: перший переважно в російській та німецькій науковій літературі, другий – в англо- та франкомовній.

Складні ансамблі окисно-відновних ферментів, такі, наприклад, як цитохромна система, знаходяться у мітохондріях. У цих субклітинних частках локалізований набір ферментів циклу дикарбонових та трикарбонових кислот. Ферменти активування амінокислот розподілені в гіалоплазмі, але вони є і в ядрі.

Травні ферменти знаходяться у травній системі людини та тварин. Крім цього, до таких ферментам можна віднести внутрішньоклітинні ферменти лізосом. Основні місця дії травних ферментів в організмі людини та тварин – це ротова порожнина, шлунок, тонка кишка.

Лізосоми є травні ферменти, "Упаковуються" в мембранні бульбашки, відбруньковуються і розносяться по цитоплазмі. У комплексі Гольджі також накопичуються речовини, які клітина синтезує для потреб всього організму і які виводяться з клітини назовні.