Глікоген м'язів служить резервом енергії та не бере участі в регуляції рівня глюкози в крові. У м'язах відсутня глюкозо-6-фосфатаза, тому глікоген м'язів не може бути джерелом глюкози у крові. З цієї причини коливання вмісту глікогену в м'язах менше, ніж у печінці.

Глікоген печінки в основному постачає глюкозу в кровотік під час періодів голодування, а той, що зберігається в скелетних м'язахзабезпечує глюкозою м'язові волокна під час фізичного навантаження.

Глікоген утворює енергетичний резерв, який може бути швидко мобілізований за необхідності заповнити раптову нестачу глюкози. Глікогеновий запас, однак, має меншу енергетичну цінність, ніж запас тригліцеридів (жирів).

Використання м'язового глікогену під час тренування дозволяє знизити споживання глюкози з крові, тим самим допомагаючи підтримувати постійний рівень глюкози у крові за відсутності надходження вуглеводів ззовні.