Основне місце проживання фекального ентерококу в організмі тонка кишка, але він також зустрічається в товстій кишці, губчастій частині сечівника, в статевих органах, і, іноді, в порожнині рота. Фекальні ентерококи присутні у калі 90% дорослих людей.

Ентерококи входять до складу нормальної мікрофлори кишечника, мешкають в основному в тонкій кишці і при цьому, виявляючись за межами свого природного довкілля, є збудниками безлічі соціально-значущих захворювань. Найбільше клінічне значення мають E. faecalis та E. faecium.

Мешкає фекальний ентерокок в тонкій кишці, проте може виявлятися і в товстому кишечнику, губчастій частині сечівника, в статевих органах і зрідка в ротовій порожнині.

Ентерококи є грампозитивними факультативними аеробними організмами. Enterococcus faecalis та E. faecium викликають різні інфекції, включаючи ендокардит, інфекцію сечових шляхів, простатит, внутрішньочеревну інфекцію, целюліт та ранову інфекцію з супутньою бактеріємією.