Бактерії – одна з перших форм життя на Землі і зустрічаються майже у всіх земних місцеперебуваннях. Вони населяють грунт, прісні та морські водоймища, кислі гарячі джерела, радіоактивні відходи та глибинні шари земної кори. Бактерії часто є симбіонтами та паразитами рослин та тварин.

Мікроорганізми живуть майже повсюдно, де є вода, включаючи гарячі джерела, дно світового океану, і навіть глибоко всередині земної кори. Вони є важливою ланкою обміну речовин в екосистемах, переважно виконуючи роль редуцентів (від лат.

Бактерії потрапляють в організм людини з навколишнього середовища з їжею і водою, з повітрям, так званим повітряно-краплинним шляхом – з дрібними крапельками слизу, що утворюються при розмові, кашлі та чханні.

У здорових осіб у кишечнику налічується понад 500 видів мікроорганізмів. Загальна маса мікрофлори кишківника становить від 1 до 3 кг. У різних відділах ШКТ кількість бактерій по-різному, більшість мікроорганізмів локалізовані в товстій кишці (близько 1010-12 КУО/мл, що становить 35-50% її вмісту).