Найпростіші мають велике значення у природі та житті людини. Водні інфузорії та інші одноклітинні поглинають бактерії і, таким чином, відіграють важливу роль у біологічному очищенні стічних вод. Самі вони служать їжею прісноводним рачкам, молоді риб, личинкам комарів та ін.

Найпростіші займають певне місце у кругообігу речовин і є важливим джерелом харчування для багатьох тварин. Поліпшують травлення жуйних тварин. Належать до санітар водойм і є індикаторами забруднення води.

Як компоненти мікро- та мейофауни, найпростіші є важливою їжею для мікроскопічних безхребетних та мальків риб. Екологічна роль найпростіших полягає у перенесенні бактеріальної та водоростевої продукції на наступні трофічні рівні.

Найпростіші організми утворюють рівень підтримки харчової ланцюга. Вони також є економічно важливими, поставляючи будівельні матеріали. Вони допомагають підтримувати чистоту води з допомогою поглинання забруднюючих речовин. Але вони можуть викликати серйозні хвороби.