За словами Вачовські, ідея воскресити їх прийшла їй у найважчий період життя через переживання через втрату майже всіх близьких людей — батьків і кращого друга. Режисерка поділилася, що постійно плакала ночами і не могла впоратися з стражданнями. При цьому вона придумала нову історію про Нео та Трініті.

Після нетривалої погоні Нео добирається до кімнати з телефоном, на порозі якої його зустрічає Сміт і розстрілює героя. Нео вмирає. Після цього показується сцена у реальному світі, де Трініті каже, що Піфія передбачила, що вона полюбить Обраного, і, отже, Нео неспроможна померти.

Фінал «Матриці: Воскресіння»знаменує собою нову еру, в якій люди, як очікується, процвітатимуть під мудрим керівництвом Нео і Трініті. Фільм відкрито висміює власну спадщину, поринаючи в чистий романтизм, відбитий у зв'язку з Нео і Трініті, яка стає основою благополуччя всього людства.